Šiuo metu Aplinkos inžinerijos institute yra vykdomos antros ir trečios pakopos studijų programos.
Magistrantūra: kartu su KTU MIDF vydoma tarpkryptė magistro studijų programa „Darnus valdymas ir gamyba” (iki 2017 m. – „Aplinkos apsaugos vadyba ir švaresnė gamyba”). Taip pat koordinuojami du MA+ kompetencijų blokai – „Lyderystė darniai plėtrai” ir „Miestų valdymas”.
Doktorantūra: kartu su Bolonijos universitetu vykdoma ir koordinuojama dvigubo laipsnio Aplinkos inžinerijos doktorantūros programa.